Si la présence de certaines espèces d'oiseaux d'intérêt communautaire sur le territoire de la Piège et des collines du Lauragais a permis de désigner cette zone en site Natura 2000, ce site offre une diversité de milieux également favorables à d'autres groupes d'espèces.
Le territoire de la Piège abrite le lézard ocellé Timon lepidus, un reptile que l'on retrouve surtout dans le sud de la France et la péninsule ibérique. Il est considéré comme vulnérable sur la liste rouge française et quasi-menacé au niveau mondial. La ZPS Piège et Collines du Lauragais héberge également plusieurs espèces inscrites à l'Annexe IV de la Directive Habitats-Faune-Flore telle que la couleuvre verte et jaune Hierophis viridiflavus, le lézard vert Lacerta bilineata, le triton marbré Triturus marmoratus, la rainette méridionale Hyla meridionalis, l'alyte accoucheur Alytes obstetricans, le crapaud calamite Bufo calamita ou la grenouille agile Rana dalmatina. Les espèces d'amphibiens sont inféodées aux mares et petits cours d'eau alors que les reptiles se trouvent dans les broussailles et pelouses associées aux cultures ainsi que les friches ouvertes et les pâturages non intensifiés. Dans ces derniers sont aussi notées plusieurs espèces remarquables : la couleuvre de Montpellier Malpolon monspessulanus ou le seps strié Chalcides striatus.
Au moins un des cours d'eau de la ZPS, le ruisseau de la Rivaillère, accueille le Barbeau méridional Barbus meridionalis, un poisson inscrit à l'annexe II et IV de la directive Habitats-Faune-Flore et considérée comme quasi-menacé au niveau français comme mondial.
La richesse botanique identifiée de la Piège et des collines du Lauragais comprend principalement les orchidées, avec plusieurs espèces rares au niveau départemental (Orchis simia, Ophrys litigiosa), régional (Anacampis papilionacea, Ophrys incubacea, Ophrys sulcata, Ophrys de Catalogne Ophrys catalaunica) ou national (Orphys magniflora, Ophrys vasconica). Ces espèces se trouvent soit dans des pelouses, des pâtures non fertilisées, soit dans des friches ouvertes. Dans ces mêmes milieux et dans les landes ouvertes sont aussi notées plusieurs espèces végétales remarquables : le genêt d'Allemagne Genista germanica, l'Inule à feuilles de saule Inula salicina et l'Hélianthème à feuilles de lédum Helianthemum ledifolium.
Les cultures abritent également des espèces remarquables comme la Nielle des blés Agrostemma githago, la Nigelle de France Nigella gallica, le Persil des moissons Sison segetum ou la Lavantère à grandes fleurs Lavatera trimestris.
Les sous-bois et lisières sont propices également aux espèces déterminantes de flore comme la Luzerne hybride Medicago hybrida, une endémique occitane qui possède une aire de répartition restreinte mais y est plutôt abondante, le Mélampyre du Pays de Vaud Melampyrum vaudense, une plante du quart sud-est de la France (Alpes du Sud) qui se trouve en aire disjointe dans les Causses et l'ouest de l'Aude et l'Iris à feuilles de graminées Iris graminea, plante des lisières et bois clairs, connue en Languedoc-Roussillon dans seulement 4 communes audoises. Dans ces mêmes milieux sont aussi notée plusieurs espèces végétales remarquables : le Cytise faux-lotier Cytisus lotoides, l'Euphorbe poilue Euphorbia villosa, le Céraiste aquatique Myosoton aquaticum et la Pulmonaire affine Pulmonaria affinis.
